Kontaminasi menjadi masalah yang krusial bagi minyak sawit dan inti sawit. Jenis kontaminan yang sering dituntut untuk dianalisa pada perdagangan global minyak sawit dan inti sawit adalah logam berat, polycyclic aromatic hydrocarbon (PAH), dioxin, polychlorinated biphenyls (PCB), dan residu pestisida (The Commision of the European Communities, 2006). Sejauh ini semua kontaminan yang disebutkan di atas tidak menjadi masalah dalam minyak sawit dan inti sawit, sepanjang proses rafinasi atau pemurnian serta kendali mutu dilakukan dengan baik.
Terakhir ini minyak sawit dilanda isu kontaminan 3-monochlorpro-pandiol ester (3-MCPD Ester) dan glycidol esters (GE), di mana hasil penelitian di Eropa menyebutkan bahwa minyak sawit mengandung 3-MCPD Ester dan GE yang tertinggi diantara minyak nabati lainnya, yakni masing-masing sebesar 3-7 ppm sebesar 3-11 ppm. Senyawa 3-MCPD merupakan senyawa hasil hidrolisis 3-MCPD ester yang memiliki efek negatif terhadap ginjal, sistem syaraf pusat, dan sistem reproduksi pada hewan percobaan. Menurut International Agency for Research on Cancer (IARC), senyawa 3-MCPD kemungkinan juga dapat menyebabkan kanker bagi manusia (Liu, 2011).
Senyawa 3-MCPD ester dalam minyak sawit terutama terbentuk selama proses deodorisasi yang menggunakan suhu tinggi dan melibatkan pembentukan ion asiloksonium dari triasilgliserol, diasilgliserol, dan monoasilgliserol. Ion asiloksonium kemudian bereaksi dengan ion klorida membentuk 3-MCPD ester. Senyawa ion klorida sendiri dapat bersumber dari tanah, pupuk, ataupun pestisida. Bleaching earth yang digunakan pada proses pemurnian minyak sawit juga berpotensi menjadi sumber ion klorin, dan disebutkan berkontribusi terhadap pembentukan 3-MCPD ester sebesar 20-30?ri seluruh proses pemurnian. Di sisi lain, aspek penggunaan pupuk kimia di perkebunan juga perlu menjadi perhatian untuk melihat kontribusi pengaruhnya terhadap pembentukan 3-MCPD dan GE pada minyak sawit. Substitusi pupuk kimia dengan bio-fertilizer diduga berpengaruh terhadap mitigasi 3-MCPD dan GE pada minyak sawit tanpa perlu merubah perilaku/proses yang digunakan sekarang ini.
Respon pasar saat ini menginginkan kandungan 3-MCPD Ester < 1.5 ppm pada minyak sawit normal dan < 0.5 ppm untuk minyak sawit yang digunakan pada susu dan makanan bayi, serta kandungan GE < 0.3 ppm untuk minyak sawit yang digunakan di semua aplikasi produk pangan (Liu, 2011). Perusahaan makanan Nestle dan Barry Callebaut sebagai pihak terdepan yang sangat peduli terhadap kontaminan 3-MCPD dan GE ini telah menetapkan target kandungan maksimum 3-MCPD Ester dan GE sesuai dengan nilai di atas sebelum 2018. Untuk memenuhi harapan ini, pemangku kepentingan industri sawit Indonesia perlu melakukan program terintegrasi untuk mitigasi 3-MCPD dan GE ini melalui skrining terhadap kandungan 3-MCPD dan GE pada minyak sawit berdasarkan daerah asal CPO, membangun kapasitas untuk analisa 3-MCPD dan GE, serta menerapkan teknologi proses untuk menghilangkan senyawa kontaminan ini.[:]